Η Σούγια βρίσκεται 70 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της πόλης των χανίων, στην έξοδο του φαραγγιού της Αγίας Ειρήνης. Το όνομά της προήλθε από την αρχαία πόλη Σίγια. Το όνομα προέρχεται από τη λέξη “sis”=γουρούνι, χοίρος, χοιρόπολη. Στα αρχαία χρόνια ήταν το λιμάνι της δωρικής πόλης Ελυρος, που στην αρχαιότητα είχε αρκετή άνθιση για να κόβει δικά της νομίσματα, αλλά καταστράφηκε από τους Σαρακηνούς Αραβες τον 9ο μ.Χ αιώνα. Η Ελυρος βρισκόταν κοντά στο χωριό Ροδοβάνι και τα ερείπια της αρχαίας πόλης μπορείτε να επισκεφτείτε στον λόφο Κεφάλα. Από την αρχαία Σούγια ελάχιστα ερείπια απομένουν σήμερα στην ανατολική πλευρά του χείμαρρου Αγιερηνιώτη που περνάει μέσα από το φαράγγι της Αγίας Ειρήνης και εκβάλλει στη Σούγια. Εμφανίζεται να υπήρχαν δάση βελανιδιάς και να υπήρχε οργανωμένη εκτροφή χοιρινών. Στο δυτικό μέρος του χωριού βρισκόταν ένα καλά προφυλαγμένο λιμανάκι, το οποίο με την πάροδο των ετών και τις γεωλογικές μεταβολές της περιοχής καταστράφηκε. Το ποιο σημαντικό μέρος του χωριού είναι το Ανατολικό όπου ακόμα και σήμερα μπορούμε να δούμε δεξαμενές, ερείπια αρχαίων κτηρίων, θερμά λουτρά και τα τείχη της πόλης (ότι έχει απομείνει). Η αρχαία πόλη άνθισε τη Ρωμαϊκή και την Βυζαντινή περίοδο. Ανατολικά του χωριού βρίσκεται το φαράγγι της Τρυπητής, με ένα θαυμάσιο κόλπο στη έξοδο του στη θάλασσα. Η εκκλησία του χωριού έχει μωσαϊκά του 6ου αιώνα καθώς και κοντά είναι η αρχαία πόλη Λισσός η οποία έχει αρχαίο θέατρο και λουτρά.